Un salarié tombe malade, il envoie son arrêt, et la première question arrive aussitôt : combien vais-je toucher, et quand ? La réponse dépend de trois mécanismes qui se superposent et qu’on confond souvent : les indemnités journalières versées par la Sécurité sociale, le maintien de salaire à la charge de l’employeur, et la subrogation, qui détermine simplement qui encaisse quoi. Voici la méthode de calcul réelle, les montants applicables aujourd’hui, et les pièges qui font qu’un bulletin de paie d’arrêt maladie est presque toujours mal compris.
En bref
Les indemnités journalières représentent 50 % du salaire journalier de base, calculé sur les trois derniers salaires bruts divisés par 91,25, avec un salaire mensuel plafonné à 1,4 SMIC. Résultat : 42,97 € bruts par jour au maximum pour les arrêts prescrits depuis le 1er juillet 2026. Elles démarrent au 4e jour d’arrêt (3 jours de carence). L’employeur complète ensuite à partir du 8e jour si le salarié a un an d’ancienneté, à hauteur de 90 % du brut pendant 30 jours. La subrogation ne change pas les montants, seulement le circuit de paiement.
Qui a droit aux indemnités journalières, et sous quelles conditions
Avant même de parler de calcul, il faut vérifier l’ouverture des droits. Pour un arrêt de moins de six mois, le salarié doit justifier d’au moins 150 heures travaillées au cours des trois mois précédents, ou avoir cotisé sur une rémunération au moins égale à 1 015 fois le SMIC horaire sur les six derniers mois. C’est la condition qui bloque le plus souvent les contrats très courts, les temps très partiels et les reprises d’activité récentes.
Au-delà de six mois d’arrêt, les exigences se durcissent : il faut être affilié à l’Assurance maladie depuis au moins douze mois, et justifier de 600 heures travaillées ou 2 030 fois le SMIC horaire cotisé sur les douze mois précédents. Le point qu’on oublie souvent : ce basculement se fait automatiquement au 7e mois, et une carrière hachée peut faire tomber l’indemnisation du jour au lendemain, alors même que l’arrêt de travail est toujours justifié médicalement.
Côté formalités, le salarié dispose de 48 heures pour adresser les volets 1 et 2 à sa caisse primaire et le volet 3 à son employeur. En cas de retard, la CPAM adresse un avertissement ; si un nouveau retard survient dans les deux ans, les indemnités journalières de la période écoulée entre la prescription et l’envoi sont réduites de moitié. Depuis le 1er juillet 2025, seul le formulaire Cerfa sécurisé fait foi, avec papier spécial, étiquette holographique non photocopiable et encre magnétique : un arrêt manuscrit sur un formulaire téléchargé est refusé.
Arrêt de travail et indemnités journalières : le calcul pas à pas
Le calcul des indemnités journalières repose sur une formule unique, qu’il est utile de poser noir sur blanc :
- Étape 1 : additionner les trois derniers salaires bruts perçus avant l’arrêt (le mois de l’arrêt n’est pas compté).
- Étape 2 : écrêter chaque salaire mensuel au plafond de 1,4 SMIC, soit 2 613,83 € bruts depuis la revalorisation du SMIC au 1er juin 2026 (1 867,02 € bruts mensuels).
- Étape 3 : diviser le total par 91,25 pour obtenir le salaire journalier de base.
- Étape 4 : appliquer le taux de 50 %.
Prenons un salarié payé 2 400 € bruts par mois. Son salaire journalier de base s’établit à 7 200 / 91,25 = 78,90 €, ce qui donne une indemnité journalière de 39,45 € bruts. Pour un cadre à 3 500 € bruts, le calcul ne change rien au-delà du plafond : chaque mois est ramené à 2 613,83 €, et l’indemnité plafonne à 42,97 €. C’est la conséquence directe du décret du 20 février 2025, qui a abaissé le plafond de calcul de 1,8 à 1,4 SMIC pour tous les arrêts débutant à partir du 1er avril 2025. Les salaires supérieurs à environ 2 600 € bruts ont vu leur indemnisation reculer nettement, et c’est précisément là que la prévoyance d’entreprise prend le relais.
| Salaire brut mensuel | Salaire journalier de base | IJ brute par jour | IJ nette estimée |
|---|---|---|---|
| 1 867 € (SMIC) | 61,38 € | 30,69 € | 28,63 € |
| 2 200 € | 72,33 € | 36,16 € | 33,74 € |
| 2 400 € | 78,90 € | 39,45 € | 36,81 € |
| 2 613,83 € et plus | 85,93 € | 42,97 € | 40,09 € |
L’écart entre brut et net s’explique par la CSG à 6,2 % et la CRDS à 0,5 % prélevées sur les indemnités journalières, soit environ 6,7 % de retenue. Ces indemnités restent par ailleurs imposables et sont préremplies dans la déclaration de revenus. Un réflexe utile avant toute réclamation : comparer le montant reçu à ce calcul, en gardant en tête que la CPAM verse en général tous les quatorze jours et que le premier paiement arrive rarement avant trois semaines.
Autre idée reçue tenace : la majoration à 66,66 % à partir du 31e jour pour les parents de trois enfants. Elle a été supprimée pour les arrêts prescrits depuis le 1er juillet 2020. Le taux reste de 50 % quelle que soit la composition du foyer, et de nombreux sites continuent pourtant d’afficher l’ancienne règle.
Le délai de carence : 3 jours côté Sécurité sociale, 7 jours côté employeur
C’est la source de confusion numéro un. Il existe deux délais de carence distincts, qui ne servent pas à la même chose. Le premier, de trois jours, concerne les indemnités journalières : elles ne sont dues qu’à compter du quatrième jour d’arrêt. Le second, de sept jours, concerne le complément employeur prévu par la loi : il n’est versé qu’à partir du huitième jour d’arrêt. Un salarié en arrêt de cinq jours ne touche donc, dans le régime purement légal, que deux jours d’indemnités journalières et aucun complément.
Plusieurs situations font sauter la carence de trois jours, et il vaut la peine de les connaître :
- Affection de longue durée : la carence n’est retenue qu’une seule fois pour le premier arrêt lié à l’ALD, sur une période de trois ans. Les arrêts suivants liés à cette même affection sont indemnisés dès le premier jour.
- Prolongation : un arrêt prolongé sans interruption poursuit la même incapacité, aucune nouvelle carence ne s’applique. Si la reprise entre deux arrêts n’excède pas 48 heures et que le second est bien prescrit en prolongation, la carence ne repart pas non plus.
- Accident du travail et maladie professionnelle : pas de carence, l’indemnisation démarre dès le lendemain de l’accident, avec des taux plus favorables que la maladie ordinaire.
À l’inverse, une reprise de plus de 72 heures suivie d’un nouvel arrêt fait repartir les trois jours de carence. Dans les faits, c’est souvent une carence appliquée à tort sur une prolongation mal saisie qui explique un versement plus faible que prévu : la réclamation auprès de la caisse aboutit dans ce cas sans difficulté particulière.
Le maintien de salaire par l’employeur : ce que garantit la loi de mensualisation
La loi de mensualisation du 19 janvier 1978 oblige l’employeur à compléter les indemnités journalières, sous conditions. Le salarié doit justifier d’au moins un an d’ancienneté dans l’entreprise, avoir transmis son arrêt sous 48 heures, être pris en charge par la Sécurité sociale et être soigné dans un État membre de l’Union européenne.
Le complément légal garantit 90 % de la rémunération brute pendant 30 jours, puis 66,66 % pendant les 30 jours suivants. Ces durées augmentent de dix jours par période de cinq ans d’ancienneté au-delà de la première année, dans la limite de 90 jours par palier.
| Ancienneté | Indemnisation à 90 % | Indemnisation à 66,66 % |
|---|---|---|
| 1 à 5 ans | 30 jours | 30 jours |
| 6 à 10 ans | 40 jours | 40 jours |
| 11 à 15 ans | 50 jours | 50 jours |
| 16 à 20 ans | 60 jours | 60 jours |
| 21 à 25 ans | 70 jours | 70 jours |
| 26 à 30 ans | 80 jours | 80 jours |
| 31 ans et plus | 90 jours | 90 jours |
Attention au sens exact de ces pourcentages : il s’agit de 90 % de la rémunération brute que le salarié aurait perçue s’il avait travaillé, indemnités journalières brutes déduites. L’employeur ne verse donc que la différence. Pour notre salarié à 2 400 € bruts avec trois ans d’ancienneté, en arrêt du 1er au 20 du mois : rien les trois premiers jours, les seules indemnités journalières du 4e au 7e jour, puis à partir du 8e jour un revenu garanti à 90 % du brut, dont environ 39,45 € par jour financés par la CPAM et le reste par l’entreprise.
Ce régime légal n’est qu’un plancher. Beaucoup de conventions collectives vont plus loin : maintien à 100 % du net, suppression de la carence employeur, ancienneté requise réduite à six mois voire supprimée, durée d’indemnisation allongée. Avant de calculer quoi que ce soit, le bon réflexe est de rechercher le texte conventionnel applicable, dont l’identifiant figure sur le bulletin de paie. Dans les entreprises dotées d’un contrat de prévoyance, un troisième étage s’ajoute encore au-delà de la durée légale, généralement à partir du 60e ou du 90e jour d’arrêt.
La subrogation : qui encaisse les indemnités journalières
La subrogation n’est ni un droit supplémentaire ni un montant supplémentaire. C’est un simple mécanisme de circuit financier : lorsque l’employeur maintient tout ou partie du salaire, il peut demander à percevoir directement les indemnités journalières à la place du salarié, et verser à ce dernier son salaire habituel comme si de rien n’était.
Concrètement, l’employeur signale l’arrêt via la DSN événementielle et coche la demande de subrogation, en précisant les dates de début et de fin ainsi que ses coordonnées bancaires. L’accord du salarié est requis. Sans subrogation, le salarié reçoit ses indemnités journalières directement de la CPAM, et l’employeur ne verse que le complément : le revenu total est identique, mais il arrive en deux virements décalés dans le temps, ce qui crée mécaniquement un trou de trésorerie de plusieurs semaines pour le salarié.
Pour l’employeur, la subrogation est facultative dès lors que le maintien de salaire est partiel, mais elle devient la norme quand il est total : sans elle, l’entreprise paierait un salaire complet tout en attendant un remboursement qu’elle ne contrôle pas. C’est aussi le cas où le bulletin de paie devient illisible pour beaucoup de salariés, puisque les indemnités journalières y apparaissent en déduction puis en reconstitution.
Pour visualiser le circuit de paiement et les délais réels de versement, l’Assurance maladie a publié un tutoriel vidéo qui détaille le mécanisme :
Combien de temps peut-on être indemnisé
Pour un arrêt classique, la limite est de 360 indemnités journalières sur une période de trois années consécutives, calculée de date à date et non par année civile. Pour une affection de longue durée, l’indemnisation peut courir jusqu’à trois ans, éventuellement prolongée d’une année supplémentaire au titre du temps partiel thérapeutique.
Nouveauté à connaître absolument : le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 réécrit l’article R. 323-1 du code de la Sécurité sociale et distingue désormais les ALD exonérantes des ALD non exonérantes. À compter du 15 octobre 2026, les affections de longue durée non exonérantes relevant de l’article L. 324-1 sans exonération du ticket modérateur voient leur durée d’indemnisation ramenée de trois ans à un an. Les ALD exonérantes conservent les trois ans. Les nouvelles règles s’appliquent aux prescriptions postérieures au 15 octobre 2026 et aux arrêts en cours qui n’ont pas encore atteint six mois à cette date ; les arrêts qui dépassaient déjà six mois au 15 octobre conservent leurs droits jusqu’au terme de la période de trois ans.
Quand ce plafond est atteint et que l’état de santé ne permet toujours pas la reprise, la suite passe par la pension d’invalidité, voire par une procédure d’inaptitude si le poste ne peut pas être adapté. Ce sujet se prépare bien en amont de l’épuisement des droits, car le passage d’un régime à l’autre n’a rien d’automatique et laisse parfois plusieurs mois sans ressources.
Ce qui a changé au 1er septembre 2026 dans la prescription des arrêts
Depuis le 1er septembre 2026, la durée initiale d’un arrêt de travail ne peut pas excéder 31 jours, et chaque prolongation est plafonnée à 62 jours. Le prescripteur peut dépasser ces bornes, à condition de justifier sur l’avis la nécessité d’une durée plus longue au regard des recommandations de la Haute Autorité de santé. Le motif médical et la justification de l’interruption doivent par ailleurs être systématiquement précisés.
Précision qui évite bien des angoisses inutiles : ces plafonds portent sur la durée de chaque prescription, pas sur la durée totale de l’arrêt. Un salarié n’a aucune obligation de reprendre au bout de 31 jours, il obtient une prolongation. En téléconsultation, la règle est plus restrictive : si le prescripteur n’est ni le médecin traitant ni la sage-femme référente, l’arrêt ne peut pas dépasser trois jours.
Les erreurs qui coûtent le plus cher
Trois vérifications valent la peine d’être faites systématiquement. D’abord, contrôler que le salaire journalier de base retenu par la CPAM correspond bien aux trois derniers mois : une prime versée juste avant l’arrêt, un mois incomplet ou un changement d’employeur récent faussent régulièrement le calcul, et l’attestation de salaire transmise par l’entreprise est la pièce à demander en premier.
Ensuite, vérifier que la carence n’a pas été appliquée deux fois sur une prolongation ou sur un arrêt lié à une ALD déjà reconnue. Enfin, confronter le complément employeur au texte de la convention collective plutôt qu’au minimum légal : c’est l’écart le plus fréquent, et il se chiffre vite en centaines d’euros sur un arrêt de plusieurs semaines. Pour les arrêts d’origine professionnelle, les règles d’indemnisation sont plus favorables encore, à condition d’avoir respecté les formalités de déclaration d’accident du travail dans les délais.
Dernier point souvent ignoré : un arrêt de travail continue de générer des droits à congés payés depuis la réforme d’avril 2024, y compris pour un arrêt d’origine non professionnelle. Pour aller plus loin sur les mécanismes de versement et les cas particuliers, notre dossier sur le fonctionnement des indemnités journalières complète utilement ce calcul.
